Главным противником Чернова на заводе был, как ни странно, директор Александр Колокольцев. Он был капитан-лейтенантом, привык к военной субординации и не любил инициативных сотрудников. Рядовых работников Колокольцев мог ударить палкой за мельчайшее нарушение дисциплины, поэтому люди его боялись и прозвали Бурбоном. Чернов же не страшился высказывать свое мнение и часто спорил с Колокольцевым.
В конце концов директор объявил, что ученый больше не главный инженер завода, а просто консультант. Это было равносильно предложению уйти на пенсию. В итоге в 1880 году, после 14 лет работы на предприятии, Чернов принял решение и подал заявление об отставке, в котором написал: «Я еще не старик, чтобы переходить на пенсию». На пенсию Чернов, действительно, уйти не мог: чтобы получать выплаты, равные окладу, нужно было проработать больше 25 лет.
Таким образом, решение об уходе лишило Чернова средств к существованию и возможности заниматься исследованиями. «Я должен был уступить грубой силе обстоятельств и покинуть не только мои занятия на Обуховском заводе, но и вообще стальное дело», —
писал Чернов в своем заявлении об отставке.
Ученый решил стать предпринимателем. Он взял в аренду участок помещичьей земли в Екатеринославской губернии и начал поиски месторождений каменной соли. Чернов вложил в бизнес все средства, которые у него были, и не прогадал. Через три года исследований он нашел 200 метров солевых залежей и начал промышленную разработку, став, таким образом, одним из пионеров добычи каменной соли в Донецком бассейне. Заработанные деньги Чернов решил использовать для своих научных исследований.
В 1884 году ученый вернулся в металлургию. Ему предложили стать главным инженером отдела по испытанию и освидетельствованию казенных заводов и возглавить кафедру металлургии в Петербургской артиллерийской академии. В 1889 году Михайловская артиллерийская академия (сегодня она носит название Военной академии Ракетных войск стратегического назначения имени Петра Великого) предложила Чернову стать одним из своих преподавателей. Ученый предложение принял. В академии он вернулся к вопросу, с которого началась его карьера: прочность артиллерийских орудий.
На этот раз Чернова заинтересовали причины выгорания пушечных каналов. В выступлении на заседании Русского металлургического общества в 1912 году он изложил основы теории эрозии и износа стволов орудий. Причина была в тепловом воздействии пороховых газов, из-за которых в стали образуются трещины. Работа Чернова дала толчок новым исследованиям и научным изысканиям на тему термической усталости металла.
Однако главное открытие Чернова после критических точек заключалось в другом. Он наконец приблизился к разгадке природы стали, когда решил досконально разобраться в том, что именно происходит в остывающем металле. Это случилось благодаря стечению обстоятельств.